1、 產權構成不同。直營連鎖是指同一資本所有，由總部集中管理，共同開展經營活動的高度組織化的零售企業(yè)。同一資本所有是區(qū)別直營連鎖店與其他經營形式的關鍵，也是特許經營與連鎖經營本質上的差別。
2、 管理模式不同。特許經營的核心是特許權的轉讓，特許者（總部）是轉讓方，被特許者（加盟店）是接受方，特許體系是通過特許者與被特許者簽訂特許合同形成的，各個加盟店的人事和財務關系是獨立的，特許者無權進行干涉。被特許者需要對特許者授予的特許權和提供的服務以某種形式支付報酬。而在直營連鎖經營中，總部對各分店擁有所有權，對分店經營中的各項具體事務均有決定權，分店經理作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。
3、 涉及的經營領域不同。直營連鎖經營的范圍一般僅限于商業(yè)和服務業(yè)，而特許經營的范圍則寬廣得多，在制造業(yè)也被廣泛應用。
4、 法律關系不同。在特許經營中，特許者和被特許者之間的關系是合同雙方當事人的關系，雙方的權利和義務在合同條款中有明確的規(guī)定。而直營連鎖不涉及這種合同（分店經理與總部的雇傭合同則另當別論），總部和分店之間的關系由公司內部的管理制度進行調整。
5、 限制方式不同。特許經營通過招募獨立的企業(yè)和個人擴張體系，特許者不僅需要吸引潛在的被特許者，還需選擇被特許者，并為被特許者提供培訓和服務；通過直營連鎖擴大規(guī)模則要籌集足夠的資金，配備大批的管理人員。相比之下，特許經營利用他人資產擴大市場占有率，所需資金較少，而直營連鎖的發(fā)展更易受到資金和人員的限制。
