經(jīng)過多年的發(fā)展，新疆棉花產(chǎn)業(yè)總體呈現(xiàn)出喜人且驕人的成效，總產(chǎn)、單產(chǎn)、調(diào)出量、農(nóng)民貢獻(xiàn)率等指標(biāo)從1993年開始連續(xù)19年全國第一。然而，目前新疆棉花產(chǎn)業(yè)存在的問題及隱憂必須引起重視。
一是加工能力過剩，競爭無序。截至2012年底，新疆已取得棉花加工質(zhì)量保證能力證書的棉花加工企業(yè)共有864家、1161條生產(chǎn)線，加工能力超過600萬噸。按照國家棉花質(zhì)量檢驗(yàn)體制改革的要求，僅需500多家，加工能力嚴(yán)重過剩，導(dǎo)致重復(fù)建設(shè)、浪費(fèi)資源，企業(yè)吃不飽、惡性競爭、忽視棉花質(zhì)量，特別是近年來混等混級收購加工棉花較普遍，棉花中混入異性纖維的現(xiàn)象有所抬頭。
二是成本高，國內(nèi)外棉花巨大差價將會影響新疆棉花產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。國外棉花享受本國高補(bǔ)貼政策，棉花一直處于競爭優(yōu)勢。國棉價格補(bǔ)貼機(jī)制尚未健全成熟，棉花種植成本高，國棉與進(jìn)口棉差價大，無奈只能靠國家買單，此問題必須認(rèn)真解決，否則將影響棉花產(chǎn)業(yè)發(fā)展大局。
三是新疆棉花經(jīng)營長期處于低層次非高效的階段。新疆棉花市場銷售結(jié)構(gòu)較差，銷售方式長期以一賣一買的現(xiàn)貨交易為主，由于棉花企業(yè)基本依靠農(nóng)發(fā)行貸款，政策規(guī)定不得進(jìn)入期貨市場，導(dǎo)致新疆進(jìn)入期貨撮合市場經(jīng)營比例太低，產(chǎn)銷經(jīng)營效益不高。
四是產(chǎn)業(yè)鏈下游對新疆棉需求弱化，本地棉紡業(yè)對棉花的需要減弱。內(nèi)地紡織企業(yè)大量使用低價進(jìn)口棉，對新疆棉使用量進(jìn)一步降低。很多新建或遷移來疆的紡織企業(yè)大部分競爭力不強(qiáng)，使用新疆棉的廠家不多，致使新疆棉本地銷售弱化。
五是農(nóng)民靠棉花取得的收入遠(yuǎn)小于其他產(chǎn)業(yè)收入。新疆一些地區(qū)的農(nóng)民種植林果或飼養(yǎng)家畜等收入翻番，棉花種植成本較高，尤其是2002年種植長絨棉的棉農(nóng)，幾乎無一幸免棉價下跌造成的損失，收益低，對棉農(nóng)傷害很大。
六是棉花倉儲設(shè)施、設(shè)備亟待改造和建設(shè)。新疆總體上已有的棉花倉儲設(shè)施已具規(guī)模，庫區(qū)、庫房、鐵路專線基本滿足需要。但隨著我區(qū)棉花產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，現(xiàn)有的棉花中轉(zhuǎn)儲備庫不少由于建庫時間久遠(yuǎn)，倉儲設(shè)施、設(shè)備老化現(xiàn)象嚴(yán)重，機(jī)械化、電子化水平低，尤其是近3年我區(qū)承擔(dān)代儲任務(wù)后，倉容和中轉(zhuǎn)儲備能力不足的矛盾更加突出，需進(jìn)一步加大改造升級力度。
七是鐵路運(yùn)輸繼續(xù)成為制約新疆棉花經(jīng)營的瓶頸。鐵路發(fā)運(yùn)困難多年來一直是影響新疆棉花銷售的制約因素，由于蘭新鐵路雙復(fù)線及電氣化改造，進(jìn)出新疆商品物資運(yùn)量嚴(yán)重失衡等原因，新疆棉花外運(yùn)持續(xù)緊張，部分內(nèi)地企業(yè)購買新疆棉2～4個月仍難運(yùn)出，占壓棉花購銷資金，影響新疆棉外銷及聲譽(yù)。
八是棉花補(bǔ)貼政策力度不大。當(dāng)前國家對棉花的補(bǔ)貼政策有良種補(bǔ)貼、運(yùn)費(fèi)補(bǔ)貼、臨時收儲政策，對棉農(nóng)、流通企業(yè)及其他直補(bǔ)政策尚未出臺，更沒形成長效機(jī)制。
